受事故影响，上海铁路局管内一度有２８趟列车停运或改道运行。２５日早晨６点５７分，由宁波东开往温州苍南的ＤＪ５６０３次列车通过杭深线列车追尾事故地段，这是“７．２３”事故抢通后通过事故地段的第一趟列车。据上海铁路局介绍，这是一辆动检车，不载客，用于巡视检查，确保线路安全。随后，因受列车追尾事故影响而中断的杭深线运输秩序开始逐步恢复。

　　新华社记者２５日在上海虹桥站内看到，售票大厅的显示屏显示，当天除上海虹桥至苍南的Ｄ５５８５次和上海虹桥至温州南的Ｄ５５６１次停运，上海虹桥至苍南的Ｄ５５８９次运行至宁波东止，其他班次目前都已恢复正常运营。受影响的旅客可以办理全价退票或改签。

　　来自上海铁路局的信息，截至２５日上午１０时，杭深线停运的列车已减至７对，变更运行区段的列车还剩４．５对。铁路部门提醒旅客注意当地车站公告。